有关台日在与那国岛上空的的航空识别区问题，过去双方也曾经有过摩擦。1994年3月，台湾一架民间飞机在与那国岛附近遭遇到日本F4战机拦截，就差点擦出空中的火花。
这架台湾民间飞机接近东经123度的日本防空识别区。日方说，这架飞机的飞行路线，与台湾事前向日本照会的路线有异。
在冲绳(台称琉球)那霸的航空自卫队，透过电波试图与这架飞机联系，可是一直未获得答复，因此判断是不明飞机，两架F4幽灵战斗机因此起飞拦截，在东经123度30分，北纬28度的地点，从两面包夹，向台湾飞机警告。
台方的说法则是，民航机适用的台北飞航情报区是以东经124度以西为限，因此台民用飞机在123度30分的飞航，应该是合法的。
台日军方的防空识别区界线设在东经123度，而民航机的航管界线却在东经124度，在空域上重迭了一度，相当60浬的距离，成为双方争执的主要原因
发生摩擦的地区靠近“领土主权”有过争执的钓鱼岛群岛，日本方面担心与台湾发生的争执，如对台湾施加压力，会牵涉到与大陆的问题，因此当时防卫厅只表示“非常困扰，这是外交问题不予置评”。
台军方称是空军例行任务
针对日媒报道滨田靖一视察与那国岛，台湾空军司令部表示，经过查证，当天空军在相关地区，所有的飞行任务都是例行任务，至于其它报道内容，台空军毫无所悉。
此外，台军方相关官员也表示，日方有人解读为“台湾对日本驻军与那国不悦”，实在是过度解读。
与那国岛选举：亲台派反自卫队进驻
日本最西端的冲绳县与那国岛28日公告将举行町长选举。岛上目前出现两派人士对立，一派是现任町长外间守吉，他主张自卫队进驻；另一派是反对自卫队进驻的前公所职员田里千代基所率领的“自立派”，他希望加强与台湾交流，寻求与那国岛自立。
与那国岛1600位岛民也分成两派，这场8月2日投票的町长选举，将决定与那国岛的命运。